伤寒疾病的发生和发展，都是外因作用于内因，引起邪正相争，导致阴阳失调的结果。
先从伤寒疾病的发生来看，例如：
（1）同一伤寒发病，为什么有的病“发于阳”而现“发热恶寒”，有的病“发于阴”而现“无热恶寒”？这显然是由相同的外因作用于不同的内因所致。即：病人内因阳盛（如阳脏之人），伤寒外邪入侵，体内正阳奋起抗邪的，则必“发热恶寒”（寒邪外束故恶寒，正阳亢进故发热）；病人内因阴盛（如阴脏之人），伤寒外邪入侵，体内正阳无力奋起抗邪的，则必“无热恶寒”（寒邪外束故恶寒，正阳衰退故无热）。
（2）同一风寒侵犯太阳发病，为什么有的呈现发热、恶风寒、汗出、脉浮缓弱的表寒虚证，有的呈现发热、恶风寒、无汗、脉浮紧的表寒实证？这也显然是由于外因相同而内因不同所致。即：病人素体卫气较强，偶感风寒，邪气犯表，卫阳被遏，营阴不畅的，则现太阳表寒实证，宜用麻黄汤泄卫畅营以祛风寒；病人素体卫气较弱，易感风寒，邪气在表，卫阳不固，营阴失守的，则现太阳表寒虚证，宜用桂枝汤扶卫敛营以祛风寒。
（3）同一太阳伤寒发病，为什么有的但见如上所述的表寒虚实证，而有的则现表里寒热虚实相兼证？这显然是由不同内在因素来决定的。如“太阳中风，脉浮紧，发热恶寒，身疼痛，不汗出而烦躁者，大青龙汤主之”（38），就是因为新感风寒在表引动在里的伏热所致；“伤寒心下有水气，咳而微喘，发热不渴……小青龙汤主之”（41），就是因为新感风寒在表引动在里的伏饮所致；“病发热头痛，脉反沉，若不差，身体疼痛，当救其里，宜四逆汤”（94），就是因为其人素体少阴阳虚伏寒，当太阳新寒在表时，少阴伏寒即内应，故虽现有发热头身疼痛的太阳表寒证，但其脉则应浮不浮，反而出现脉沉的少阴里寒证，由于表证脉沉，多日不瘥，里虚已甚，故当急用四逆汤以救其里。这里还应与“少阴病，始得之，反发热，脉沉者，麻黄细辛附子汤主之”（301）和“少阴病，脉沉者，急温之，宜四逆汤”（323）合参。
再从伤寒疾病的发展来看，例如：
（1）同一太阳病，为什么有的传经，而有的则不传经？这显然是由有无伏邪来决定的。即其人患太阳病，表虽病而里则和，并无伏邪内蕴的，必不致由表入里而传入他经。如其人患太阳病，表既病而里又不和，并有伏邪内蕴的，则必致由表入里而传入他经。这就是为什么“伤寒一日，太阳受之，脉若静者，为不传；颇欲吐，若躁烦，脉数急者，为传也”（4）的理由所在。
（2）同一太阳病传经，为什么有的传入阳明或少阳，而有的则传入太阴或少阴或厥阴？这也显然是由不同的内在因素来决定的。如“问曰：何缘得阳明病？答曰：太阳病，若发汗，若下，若利小便，此亡津液，胃中干燥，因转属阳明；不更衣内实，大便难者，此名阳明也”（186），本条太阳病之所以转属阳明，并不能完全责之于药误，而是因为阳明里有伏热所致。从其病在太阳之表而杂投以汗、下、利小便等法来看，可见其病起即现有表里相兼之证。也正因此，医者才有可能或见其表寒而发汗，或见其里热而通利二便，由此而致耗伤了津液，促进了燥化，只是问题的一个方面。更重要的另一个方面，则是阳明里有伏热，即当新邪在太阳时，便有阳明伏邪内应，其病由太阳传阳明，已成必然趋势，只是由于治不得法而加速其进程罢了。如其阳明并无伏邪，则其太阳病是不大可能传入阳明的。又如“本太阳病不解，转入少阳者，胁下硬满，干呕不能食，往来寒热”（267），其太阳病之所以未经误治而自然转入少阳，由太阳表寒证传变为少阳半表半里寒热错杂证，更显然是因太阳新感引动少阳伏邪所致。如其少阳并无伏邪，则其太阳病也是无由传变为少阳病的。又如“太阳病，外证未除，而数下之，遂协热而利，利下不止，心下痞硬，表里不解者，桂枝人参汤主之”（168），本条太阳病之所以陷入太阴而现下利不止、心下痞硬的里寒虚证，乍看似可完全责之于药误，但如细加玩味，则不难想见其太阳病外证未除时，必有似乎可下之内证（如腹满）存在，才有可能造成误下，否则医者是决不会平白无故地议下的。正因病起即属太阳与太阴同病，由于医者辨证不细，误认太阴内证为阳明内证而误下之，以致生此剧变。这就不仅要看到它的药误方面，而且要看到它的内因方面。本条还应与“太阴之为病，腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛。若下之，必胸下结硬”（273）合看，并从中认识太阴病腹满误下是可以发展成为心下痞硬的。又如“太阳病发汗，汗出不解，其人仍发热，心下悸，头眩，身动，振振欲擗地者，真武汤主之”（84），其太阳病发汗之所以会出现悸眩振等少阴亡阳重证，如其素体没有少阴阳虚的内因存在，光是太阳表病误汗，一般是不会引起如此剧变的。这可与下文所述误服大青龙汤引起“厥逆筋惕肉”变证合参，都应把药误和内因结合起来看，始称全面。又如“太阳病，发热而渴，不恶寒者，为温病。若发汗已，身灼热者，名风温。风温为病，脉阴阳俱浮，自汗出，身重，多眠睡，鼻息必鼾，语言难出。若被下者，小便不利，直视失溲；若被火者，微发黄色，剧则如惊痫时瘈疭；若火熏之，一逆尚引日，再逆促命期”（6），本条基本上提示了太阳病由表入里，亦即后世所谓卫气营血的发展过程。如所谓“太阳病，发热而渴，不恶寒者，为温病”和“风温为病，脉阴阳俱浮，自汗出”，即指病在卫分的表热证而言；所谓“若发汗已，身灼热者”，即指病入气分，和“多眠睡”，汗后所发生的不同变证，是由不同的内在因素来决定的。再就太阳病误治法不同而变证相同者来说，如太阳病“发汗后，不可更行桂枝汤，汗出而喘，无大热者，可与麻黄杏仁甘草石膏汤”（63）和“下后，不可更行桂枝汤，若汗出而喘，无大热者，可与麻黄杏子甘草石膏汤”（167）是其例。汗和下是两种截然不同的治法，误施之于太阳病，按理说应该引起不同的变证，其所以会发生上述相同的变证，是因肺有伏热所致。即当太阳新感风寒时，便有肺中伏热内应，本已势在必发，此时医者或但见其表寒而发汗，或但见其里热而攻下，都不得法，故其病不为解，仍然按其自身规律向前发展，以致出现身热汗出而喘的麻杏甘石汤证，这在临床上所碰到的表（太阳、卫分）寒里（肺、气分）热证（如急性肺炎）中是不乏其例的。本证是因肺中伏热为太阳新寒引发所致，病在上焦肺卫气分，即卫分表寒轻而气分里热重之候，故其方以清透气分里热为主。由此可见，上述太阳病误汗或下后所发生的同一变证，是由相同的内在因素来决定的。
